研究室の情報

東京大学医科学研究所学生表彰「優秀論文賞」受賞

Quentin Hillebrand（博士2年）が令和4年度東京大学医科学研究所学生表彰「最優秀論文賞」を受賞しました。KDD 2023の論文を評価いただきました。（2024年3月)

学振特別研究員

Ramesh Rajaby が学振特別研究員として研究室に加わりました。. ( 2023年11月)

助教

Robert Barish が助教に就任しました。（2023年10月）

KDD 2023 (The 29th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discover and Data Mining)

Vorapong Suppakitpaisarn先生との共同研究で、グラフにおける差分プライバシーに関する論文が、データベース研究におけるトップ国際会議であるKDD 2023(The 29th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discover and Data Mining)に採択されました。(2023年5月）

• Quentin Hillebrand, Vorapong Suppakitpaisarn, and Tetsuo Shibuya, Unbiased locally private estimator for polynomials of Laplacian variables, The 29th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discover and Data Mining (KDD 2023), 2023, to appear.

東京大学情報理工学系研究科研究科長賞受賞

山本章人（修士2年）が令和4年度東京大学情報理工学系研究科長賞を受賞しました。（2023年3月）

東京大学医科学研究所学生表彰「最優秀論文賞」受賞

山本章人（修士2年）が令和4年度東京大学医科学研究所学生表彰「最優秀論文賞」を受賞しました。IEEE TrustCom 2022の論文を評価いただきました。(写真）（2023年3月)

東京大学総長賞受賞

山本章人（修士2年）が「差分プライバシー理論を用いた大規模ゲノム統計解析および医療データマイニングのための効率的かつ高精度なプライバシー保護技術の開発」の研究で、令和4年度学生表彰「東京大学総長賞」を受賞しました。(情報理工学系研究科ニュース、医科学研究所受賞情報)（2023年3月）

IEEE TrustCom2022 Outstanding Paper Award受賞

山本章人と渋谷哲朗のGWASにおけるプライバシー保護を考慮した重要遺伝子公開手法についての論文がプライバシー保護分野のトップ国際会議IEEE TrustCom 2022(投稿数509、採択数101)においてIEEE Outstanding Paper Award を受賞しました。（医科学研究所受賞情報）(2022年12月)

ICCBD2021 Best Oral Presentation Award受賞

Arda Akdemirが自然言語処理における転移学習の研究で国際会議the 4th International Conference on Computing and Big Data (ICCBD 2021) でThe Best Oral Presentation Awardを受賞しました。 （2021年12月)

情報処理学会バイオ情報学研究会優秀プレゼンテーション賞受賞

山本章人が差分プライバシーのGWASへの応用の研究で情報処理学会第67回バイオ情報学研究会において優秀プレゼンテーション賞を受賞しました（2021年12月)

文部科学大臣表彰科学技術賞受賞

情報理工学系研究科定兼邦彦教授と共同で渋谷哲朗がメタゲノム等のゲノムアセンブリの大規模化を可能とする簡潔データ構造技術の開発で文部科学大臣表彰「科学技術賞」を受賞しました。（→医科研ページ）（2021年4月)

新スタッフ紹介

稲荷場渉が特任研究員として研究室に着任しました。（2021年4月)

理学部学修奨励賞受賞

B4の北谷和志が大規模ゲノムデータの圧縮技術の研究で令和２年度理学部学修奨励賞を受賞しました（2021年3月）

新スタッフ紹介

Robert Daniel Barishが研究室に特任研究員として加わりました（2020年5月) 。10月から特任助教に昇任しました。（2020年10月)

理学部学修奨励賞受賞

B4の古賀樹が差分プライバシーに関する研究で令和元年度理学部学修奨励賞を受賞しました。 (2020年3月）

情報処理学会第79回全国大会学生奨励賞受賞

我々との共同研究による以下の発表で、発表された 佐々木耀一氏（北海道大学）がタンパク質立体構造情報などの3次元点集合のマッチングの研究で情報処理学会より学生奨励賞を受賞されました。おめでとうございます。（2017年）

• 佐々木耀一，渋谷 哲朗，大森亮介，伊藤公人，有村博紀，正規化ハミング距離を用いた三次元点集合マッチングの高速化とインフルエンザウイルス解析への応用，情報処理学会、第79回全国大会、7ZB-01，2017年3月16日-18日，名古屋，日本．

東京大学工学教程・情報工学「アルゴリズム」出版

丸善出版株式会社より、以下の書籍が出版されました。（丸善出版ニュース）（Amazon)

• 渋谷 哲朗，アルゴリズム，東京大学工学教程・情報工学，東京大学工学教程編纂委員会（編），丸善出版、2016年11月20日発行．

情報処理学会2016年度山下記念賞受賞

我々との共同研究によるタンパク質立体構造比較に関する以下の発表で、発表された 佐々木耀一氏（北海道大学）が情報処理学会より山下記念賞を受賞されました。おめでとうございます。なお、佐々木氏の同発表はバイオ情報学研究会学生奨励賞も同時に受賞されています。（2016年）

• 佐々木 耀一，渋谷 哲朗，伊藤 公人，有村 博紀， "三次元空間における効率良い近似点集合マッチングと分子パターン照合への応用"，第 42 回バイオ情報学(BIO)研究会，2015年．

情報処理学会2015年バイオ情報学研究会学生奨励賞受賞

我々との共同研究によるタンパク質立体構造比較に関する以下の発表で、発表された 佐々木耀一氏（北海道大学）が情報処理学会バイオ情報学研究会より学生奨励賞を受賞されました。おめでとうございます。（2016年）

• 佐々木 耀一，渋谷 哲朗，伊藤 公人，有村 博紀， "三次元空間における効率良い近似点集合マッチングと分子パターン照合への応用"，第 42 回バイオ情報学(BIO)研究会，2015年．

情報処理学会2014年バイオ情報学研究会功労賞受賞

情報処理学会バイオ情報学研究会および同学会Transactions on Bioinformatics誌におけるこれまでの学会・学会誌活動を評価していただきました。（2014年12月18日）

日本薬学会2012年度構造活性相関シンポジウム優秀発表賞受賞

我々との共同研究による以下の発表で、発表された寺師玄記氏（北里大学）がタンパク質立体構造データベース検索の高速化の研究で日本薬学会より優秀発表賞を受賞されました。おめでとうございます。（日本薬学会構造活性相関部会・ニュースレター SAR News No, 24)（2012年12月）

• 寺師玄記，渋谷哲朗，竹田−志鷹真由子，「タンパク質立体構造データベースに対する高速類似部分構造検索法の開発」，日本薬学会構造活性相関部会第40回構造活性相関シンポジウム，2012年．

Nature Genetics掲載

肝がん患者27名の全ゲノムを解析した論文がNature Geneticsに掲載されました。（2012年5月）

• Akihiro Fujimoto, Yasushi Totoki, Tetsuo Abe, Keith A Boroevich, Fumie Hosoda, Ha Hai Nguyen, Masayuki Aoki, Naoya Hoshono, Michiaki Kubo, Fuyuki Miya, Yasuhito Arai, Hiroyuki Takahashi, Takuya Shirakihara, Masao Nagasaki, Tetsuo Shibuya, Kaoru Nakano, Kumiko Watanabe-Makino, Hiroko Tanaka, Hiromi Nakamura, Jun Kusuda, Hidenori Ojima, Kazuaki Shimada, Takuji Okusaka, Masaki Ueno, Yoshinobu Shigekawa, Yoshiiku Kawakami, Koji Arihiro, Hideki Ohdan, Kunihito Gotoh, Osamu Ishikawa, Shun-ichi Ariizumi, Masakazu Yamamoto, Terumasa Yamada, Kazuaki Chayama, Tomoo Kosuge, Hiroki Yamaue, Naoyuki Kamatani, Satoru Miyano, Hitoshi Nakagama, Yusuke Nakamura, Tatsuhiko Tsunoda, Tatsuhiro Shibata, and Hidewaki Nakagawa. Whole Genome Sequencing of Liver Cancers Identifies Etiological Influences on Mutation Patterns and Recurrent Mutations in Chromatin Regulators. Nature Genetics, 2012.doi: 10.1038/ng.2291

マイクロソフトリサーチ日本情報学研究賞受賞

マイクロソフト（株）より、渋谷哲朗が第３回マイクロソフトリサーチ日本情報学研究賞を受賞しました。受賞はバイオインフォマティクスにおけるアルゴリズムとデータ構造に関する研究に対するものです。(In English、医科学研究所関連ページ） （2011年11月15日）

船井学術賞受賞

渋谷哲朗が船井情報科学振興財団より第10回船井学術賞を受賞しました。受賞は高次元構造データベースのためのアルゴリズム設計パラダイムとそのタンパク質立体構造データベースへの応用に関するものです。（医科学研究所関連ページ）　（2011年5月28日）

Nature Genetics掲載

世界で初めて日本人の個人ゲノムを解読した論文がNature Geneticsに掲載されました。次世代シークエンサーを用いて配列解読を行い、ヒトゲノム解析センターのスパコンを用いて結果を解析しました。

• Akihiro Fujimoto, Hidewaki Nakagawa, Naoya Hosono, Kaoru Nakano, Tetsuo Abe, Keith A Boroevich, Masao Nagasaki, Rui Yamaguchi, Tetsuo Shibuya, Michiaki Kubo, Satoru Miyano, Yusuke Nakamura, and Tatsuhiko Tsunoda. Whole-genome Sequencing and Comprehensive Variant Analysis of a Japanese Individual Using Massively Parallel Sequencing, Nature Genetics, Vol. 42, pp. 931-936, 2010.

J. ACM 掲載

渋谷が提案した、タンパク質立体構造（およびそれに類似した高次元データ）のための新しい索引構造「幾何的接尾辞木」(geometric suffix tree)についての論文が情報科学のトップジャーナルであるJournal of the ACMに掲載されました。

• Tetsuo Shibuya, Geometric Suffix Tree: Indexing Protein 3-D Structures, Journal of the ACM, Vol. 57, No. 3, Article No.15, pp. 1-17, 2010.

RECOMB Best Paper Award 受賞

2009年5月18〜21日に米国アリゾナ州ツーソンにて開催された、バイオインフォマティクスのトップカンファレンスである国際会議RECOMBにおいて、Best Paper Award(単独）に以下の渋谷哲朗の論文が選ばれました。これまで理論的にも不可能とされていたタンパク質立体構造の高速線形時間検索アルゴリズムを新たなアルゴリズム設計パラダイムに基づいて実現し、精度の犠牲なく従来と比べ数倍〜数十倍高速な検索をPDB上で実現しました。（関連ページ： SMAD (Statistical Model-based Algorithm Design)）

• Tetsuo Shibuya, Searching Protein 3-D Structures in Linear Time, Proc. 13th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2009), 2009 LNBI 5541, pp 1-15.　(PDF file)

山下記念賞受賞

渋谷哲朗のタンパク質のヒンジ構造検出アルゴリズムについての研究が、情報処理学会より平成20年度情報処理学会山下記念賞を受賞しました。（平成21年3月11日）

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